Számos legenda kelt szárnyra Szombathelyi Ferenccel kapcsolatban. Olvasni olyat, hogy a délvidéki razziák felelőseként életfogytiglani börtönbüntetésre ítélt, majd Jugoszláviának kiadott egykori vezérkari főnököt a szerbek karóba húzták. Olyan szóbeszéd is keringett, hogy végre sem hajtották az ítéletet, és Szombathelyi a jugoszláv állam szovjetellenes katonai védelmét szervezte. Körbejártuk a mendemondákat.
Még mielőtt a népbíróság elé állították volna 1945–1946-ban, Szombathelyi Ferenc megírta saját „védőiratát”, amelyben a délvidéki razziák során elkövetett bűnökről is szót ejtett. A nyugállományú vezérezredes leírta: a délvidéki események után egyre inkább megerősödött benne a meggyőződés, hogy a honvédség és a csendőrség részéről elítélendő szabálytalanságok történtek, valamint rádöbbent arra is, hogy a jelentések által félrevezették, és voltak olyan alárendeltjei, akik egyértelműen mulasztottak, és könnyelműen jártak el.
A Délvidéken támadások értek magyar katonai és csendőrjárőröket a szerbek részéről, ezért Keresztes-Fischer Ferenc belügyminiszter és Szombathelyi Ferenc, a Honvéd Vezérkar főnöke razziát rendelt el, amelynek célja a beszivárgók és a partizánok felkutatása volt. A razzián részt vettek a honvédség egyes csapattestei, a folyami erők kijelölt alakulatai, illetve az odarendelt csendőrtanszázadok is. Három-négy fős járőrök igazoltattak. A honvédekkel és csendőrökkel együtt vett részt a járőrözésben egy helyi ismeretekkel rendelkező személy. A gyanúsnak vélt embereket begyűjtötték, és központi helyekre szállították, majd tömegével végezték ki őket. Ma sem tudni pontosan, hogy ki és milyen parancsot adott.
A korabeli magyar hadbírói kivizsgálás szerint az összesen 3308 halálos áldozatot követelő vérengzés nem maradt visszhang nélkül az Országgyűlésben sem. A képviselőházban többek között Popovics Milán szerb származású délvidéki képviselő is interpellált az ügyben. Szombathelyi illetékes parancsnokként elrendelte a kivizsgálást, amelynek következményeként több mint tíz esetben indítottak eljárást. A végül elítélt vezetők közül Feketehalmy-Czeydner Ferenc altábornagy, Grassy József vezérőrnagy, Deák László ezredes és Zöldi Márton csendőr százados a Német Birodalom területére szökött. Szombathelyi írásában úgy vélekedik, hogy ez is azt bizonyítja: „német ügyről” volt szó, továbbá ezt támasztja alá szerinte az is, hogy a két tiszt később a megszálló német csapatokkal tért haza.
Magyarország német megszállása után, 1944. április 16-án az államfő felmentette Szombathelyi Ferencet a vezérkari főnöki szolgálati állásból, és nyugállományba helyezték. 1944 októberében perbe fogták, mert a Honvéd Vezérkar főnökeként felvette a kapcsolatot az amerikaiakkal. A nyilas–hungarista hatalomátvétel után internálták, és Németországba hurcolták. A háború végén amerikai hadifogságba került, majd kiadták Magyarországnak, ahol népbíróság elé állították, de már előtte megfosztották rendfokozatától, és végül életfogytiglani szabadságvesztésre ítélték népellenes bűncselekmény, valamint hivatali hatalommal való visszaélés miatt. Ezek után a magyar hatóságok jogszerűtlen körülmények között kiadták Jugoszláviának, ahol halálra ítélték.